378.基督教会从摇篮就开始被分裂主义和异端邪说攻击和分裂，随着时间推移，逐渐被撕裂和肢解，几乎就象经上说的那个从耶路撒冷下到耶利哥的人，他落到强盗手中，被剥去衣裳，打得半死，丢在半路（路加福音10:30）。这个教会的结局就象但以理书上所描述的：
那行毁坏可憎的，如飞而来，并且有忿怒倾在那行毁坏的身上，直到所定的结局。（但以理书9:27）
照主的话说：
然后末期才来到，你们看见先知但以理所说的“那行毁坏可憎的”站在圣地。（马太福音24:14,15）
它的命运好比一艘载满贵重货物的船只，一离开港口就遭到暴风雨袭击，很快就失事沉入海底，致使满船货物部分被海水毁灭，部分被鱼吞吃。
教会历史清楚告诉我们，基督教会自婴孩时就经历风雨飘摇，遭受重大打击。例如，使徒时代的西门，他是撒玛利亚人，在城里久行邪术（参看使徒行传8:9等）；还有保罗在写给提摩太的信中所提到的许米乃和腓理徒（提摩太后书2:17-18）；还有名为尼哥拉党人的尼哥拉（启示录2:6；使徒行传6:5），以及克林萨斯。使徒时代之后，更多的异端邪说兴起，例如马西昂派（Marcionites）、奴爱达派（Noetians）、瓦伦丁派（Valentinians），禁戒派（Encratites），孟他奴派（Cataphrygians），守逾越节派（Quartodecimas？？暂译）、非道派（Alogians）、迦他利派（又作亚尔比根派，清洁派）（Catharans）、奥利金派（又译俄利根）（Origenists）、撒伯流派（Sabellians）、撒摩撒他派（Samosatenes）、摩尼教（Manichaeans）、麦勒先派（Meletians），直至阿里乌派（Arians）。在他们的时代之后，整个异端领袖团开始攻击教会，如多纳徒派（Donatists）、阜提奴派（Photinians）、半亚流派（Semiarians）、优诺米派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、聂斯托利派（Nestorians）、预定论（Predestinarians）、教皇制信奉者（Papists）、茨温利派（Zwinglians）、再洗礼派（Anabaptists）、施文克斐特派（Schwenckfeldians）、合作派（？？Synergists暂译）、苏西尼派（Socinians）、反三一论派（Antitrinitarians）、贵格会派（Quakers）、赫伦胡特派（Herrenhuters）等等。最后，路德（Luther）、梅兰希顿（Melanchthon）和加尔文（Calvin）胜了其它教派，如今他们的教义占据主流。
导致教会分歧和分裂的根本原因有三个：第一，对圣三一的误解；第二，缺乏对主的正确认识；第三，十字架受难是救赎的实际过程的谬念。这三个问题是信的根本，教会基于它们而存在，并被称为教会。对它们的无知必然导致属教会的所有事物背离正轨，最终走向反面，而教会却仍然认为自己拥有对神和关乎神的一切真理的正信；此时，这些人就象蒙上双眼的人，自以为走的是直线，殊不知正在一步步背离它，最终转向相反的方向，那里有大坑等着他们掉进去。不过，能把教会中人从背离真道的路上拉回来，唯一的方法就是学习何为正信，何为不正当之信，何为伪信。故按下列顺序说明：
⑴正信只有一个，就是信主神救主耶稣基督，是那些信祂是神的儿子，天地之神，与父为一之人所持守的。
⑵不正当的信是指背离独一正信的一切信，这就是那些从别处爬进来，仅视主为人，而非神之人所持守的信。
⑶伪信根本就不是信。

520.“众水的第三部分变为苦艾”表示在理解和教义上，一切真理都变成这样。这从“第三部分”和“苦艾”的含义清楚可知：“第三部分”是指所有或全部，在此是指在理解和教义上的一切真理，因为它论及“河”和“众水的泉源”，“河”和“众水的泉源”表示对真理的理解和取自圣言的教义；“第三部分”表示所有或全部(参看AE 506节)。“苦艾”是指与邪恶之虚假混杂的真理，如前面所解释的。这清楚表明，“第三部分变为苦艾”表示一切真理在理解和教义上都与邪恶之虚假混杂了。当生活的邪恶，也就是通奸、淫行、杀人、各种仇恨、敌意、为了利益而不义、巧妙而秘密的盗窃和抢劫、狡猾、欺骗，以及具有类似性质的其它邪恶，被圣言的字义确认时，以及当宗教虚假通过这些手段被那些处于自我之爱，因而处于自我聪明的骄傲之人支持时，真理就与邪恶之虚假混杂了。那时真理之所以与邪恶之虚假混杂，是因为圣言的一切事物都是真理，但当它们被应用并利用来确认生活的邪恶和宗教的虚假原则时，圣言的真理就与邪恶之虚假混杂了，并且通过这种方式，真理本身不再是真理，而是被歪曲的真理，被歪曲的真理本身就是虚假。为叫圣言字义的真理可以继续是真理，它们必须被应用于确认生活的良善和宗教的真实原则；它们若被拉到一边，偏离了这种应用的目的，就不再是真理，因为它们里面没有对真理的感知。对真理的感知来自良善，而非来自邪恶。
圣言的每个细节里面都有良善与真理的一个婚姻；因此，如果圣言的真理里面没有来自感知它们的那个人的良善，那么真理就没有配偶，可能会被应用于各种恶欲和各种虚假原则，从而变成邪恶之虚假。通过这种方式，圣言的真理被所有出于自我之爱而处于自我聪明的骄傲之人歪曲了。因为源于自我之爱的各种邪恶，因而源于自我聪明的骄傲的各种虚假从内在掌权；而外在，就是言语和讲道里面却有来自圣言的真理，这些真理在那些处于简单良善的人听来像真理，但就说话或讲道的那个人而言，它们从内层或里面充满各种虚假。对这些人来说，圣言的真理就像一个纯净而发光的器皿，但这器皿里面盛的却是污水；那些处于简单良善的人不能透过器皿看到这些污水，但天堂天使却看得很清楚。