378.基督教会从摇篮就开始被分裂主义和异端邪说攻击和分裂，随着时间推移，逐渐被撕裂和肢解，几乎就象经上说的那个从耶路撒冷下到耶利哥的人，他落到强盗手中，被剥去衣裳，打得半死，丢在半路（路加福音10:30）。这个教会的结局就象但以理书上所描述的：
那行毁坏可憎的，如飞而来，并且有忿怒倾在那行毁坏的身上，直到所定的结局。（但以理书9:27）
照主的话说：
然后末期才来到，你们看见先知但以理所说的“那行毁坏可憎的”站在圣地。（马太福音24:14,15）
它的命运好比一艘载满贵重货物的船只，一离开港口就遭到暴风雨袭击，很快就失事沉入海底，致使满船货物部分被海水毁灭，部分被鱼吞吃。
教会历史清楚告诉我们，基督教会自婴孩时就经历风雨飘摇，遭受重大打击。例如，使徒时代的西门，他是撒玛利亚人，在城里久行邪术（参看使徒行传8:9等）；还有保罗在写给提摩太的信中所提到的许米乃和腓理徒（提摩太后书2:17-18）；还有名为尼哥拉党人的尼哥拉（启示录2:6；使徒行传6:5），以及克林萨斯。使徒时代之后，更多的异端邪说兴起，例如马西昂派（Marcionites）、奴爱达派（Noetians）、瓦伦丁派（Valentinians），禁戒派（Encratites），孟他奴派（Cataphrygians），守逾越节派（Quartodecimas？？暂译）、非道派（Alogians）、迦他利派（又作亚尔比根派，清洁派）（Catharans）、奥利金派（又译俄利根）（Origenists）、撒伯流派（Sabellians）、撒摩撒他派（Samosatenes）、摩尼教（Manichaeans）、麦勒先派（Meletians），直至阿里乌派（Arians）。在他们的时代之后，整个异端领袖团开始攻击教会，如多纳徒派（Donatists）、阜提奴派（Photinians）、半亚流派（Semiarians）、优诺米派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、聂斯托利派（Nestorians）、预定论（Predestinarians）、教皇制信奉者（Papists）、茨温利派（Zwinglians）、再洗礼派（Anabaptists）、施文克斐特派（Schwenckfeldians）、合作派（？？Synergists暂译）、苏西尼派（Socinians）、反三一论派（Antitrinitarians）、贵格会派（Quakers）、赫伦胡特派（Herrenhuters）等等。最后，路德（Luther）、梅兰希顿（Melanchthon）和加尔文（Calvin）胜了其它教派，如今他们的教义占据主流。
导致教会分歧和分裂的根本原因有三个：第一，对圣三一的误解；第二，缺乏对主的正确认识；第三，十字架受难是救赎的实际过程的谬念。这三个问题是信的根本，教会基于它们而存在，并被称为教会。对它们的无知必然导致属教会的所有事物背离正轨，最终走向反面，而教会却仍然认为自己拥有对神和关乎神的一切真理的正信；此时，这些人就象蒙上双眼的人，自以为走的是直线，殊不知正在一步步背离它，最终转向相反的方向，那里有大坑等着他们掉进去。不过，能把教会中人从背离真道的路上拉回来，唯一的方法就是学习何为正信，何为不正当之信，何为伪信。故按下列顺序说明：
⑴正信只有一个，就是信主神救主耶稣基督，是那些信祂是神的儿子，天地之神，与父为一之人所持守的。
⑵不正当的信是指背离独一正信的一切信，这就是那些从别处爬进来，仅视主为人，而非神之人所持守的信。
⑶伪信根本就不是信。

658.“因为神的烈怒在这七灾中发尽了”表教会的毁灭，和那时它的终结。很快会看到，“发尽了”表示教会的毁灭，和那时它的终结；“神的烈怒”表示人的邪恶，这恶因反对神，故被称为“神的烈怒”；不是神向人发怒，而是人因其恶而向神发怒，并且由于人因其恶而受惩罚和折磨时，如死后在地狱中的情形，在人看来，这一切似乎出于神，故在圣言中，烈怒和愤怒，甚至邪恶，都被归到神身上。但这只是字面上的意思，因为字义是照着表象和对应来写的，不是灵义上的意思，因为灵义里面没有表象和对应，只有在自己光中的真理；关于愤怒，可参看前文（525, 635节）。经上说“神的烈怒在这七灾中发尽了”，以此表示教会的毁灭，和那时它的终结；有必要解释一下原因。随着时间推移，每个教会都因远离爱之良善和信之真理，直到它们荡然无存而逐渐衰退；这一切随着邪恶与虚假的相继增长而发生；当不再有任何爱与信的良善时，那么就只有邪恶与虚假了；当到了这种地步时，教会的终结就到来了。在终结期间，人只知道邪恶是良善，虚假是真理，因为他出于所感受到的邪恶与虚假里面的快乐而热爱并因此确认它们。
在以下经文中，这就是“灭绝”（consummation，或译“结局”、“完结”、“满盈”、“末了”等）所表示、被称为“荒凉”（devastation，或译毁灭，荒废等）的终结（end）：
我从耶和华那里听见已经决定在全地上施行灭绝的事。（以赛亚书28:22）
原来灭绝的事已定，必有公义涨溢，因为主万军之耶和华，在全地之中，必成就所定规的结局。（以赛亚书10:22-23）
耶和华的怒火必吞灭全地，因为祂要快快灭绝这地的一切居民。（西番雅书1:18）
那荒凉最终必临到可憎的飞鸟身上，直到所定的结局，它必倾在那行毁坏的身上。（但以理书9:27）
全地必成为荒场，我却不灭绝。（耶利米书4:27）
我现在要下去，察看他们是否真的像那达到我这里的嚷叫声一样完结。（创世记18:21）
这论及所多玛。
亚摩利人的罪恶还没有满盈。（创世记15:16）
在以下经文中，教会的终结还以主所说的“时代的末了”（consummation of the age）来表示:
门徒问耶稣，你降临和时代的末了有什么预兆呢？（马太福音 24:3）
当收割的时候，我要对收割的人说，先将稗子收集起来烧掉；惟有麦子要收在仓里；时代的末了也要如此。（马太福音13:30,40）
在时代的末了，天使要出来，从义人中把恶人分别出来。（马太福音13:49）
耶稣对门徒们说，看哪，我与你们同在，直到时代的末了。（马太福音28:20）
“直到时代的末了”表示直到教会的终结，这时必有新的教会，主将与这新教会同在。