378.基督教会从摇篮就开始被分裂主义和异端邪说攻击和分裂，随着时间推移，逐渐被撕裂和肢解，几乎就象经上说的那个从耶路撒冷下到耶利哥的人，他落到强盗手中，被剥去衣裳，打得半死，丢在半路（路加福音10:30）。这个教会的结局就象但以理书上所描述的：
那行毁坏可憎的，如飞而来，并且有忿怒倾在那行毁坏的身上，直到所定的结局。（但以理书9:27）
照主的话说：
然后末期才来到，你们看见先知但以理所说的“那行毁坏可憎的”站在圣地。（马太福音24:14,15）
它的命运好比一艘载满贵重货物的船只，一离开港口就遭到暴风雨袭击，很快就失事沉入海底，致使满船货物部分被海水毁灭，部分被鱼吞吃。
教会历史清楚告诉我们，基督教会自婴孩时就经历风雨飘摇，遭受重大打击。例如，使徒时代的西门，他是撒玛利亚人，在城里久行邪术（参看使徒行传8:9等）；还有保罗在写给提摩太的信中所提到的许米乃和腓理徒（提摩太后书2:17-18）；还有名为尼哥拉党人的尼哥拉（启示录2:6；使徒行传6:5），以及克林萨斯。使徒时代之后，更多的异端邪说兴起，例如马西昂派（Marcionites）、奴爱达派（Noetians）、瓦伦丁派（Valentinians），禁戒派（Encratites），孟他奴派（Cataphrygians），守逾越节派（Quartodecimas？？暂译）、非道派（Alogians）、迦他利派（又作亚尔比根派，清洁派）（Catharans）、奥利金派（又译俄利根）（Origenists）、撒伯流派（Sabellians）、撒摩撒他派（Samosatenes）、摩尼教（Manichaeans）、麦勒先派（Meletians），直至阿里乌派（Arians）。在他们的时代之后，整个异端领袖团开始攻击教会，如多纳徒派（Donatists）、阜提奴派（Photinians）、半亚流派（Semiarians）、优诺米派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、聂斯托利派（Nestorians）、预定论（Predestinarians）、教皇制信奉者（Papists）、茨温利派（Zwinglians）、再洗礼派（Anabaptists）、施文克斐特派（Schwenckfeldians）、合作派（？？Synergists暂译）、苏西尼派（Socinians）、反三一论派（Antitrinitarians）、贵格会派（Quakers）、赫伦胡特派（Herrenhuters）等等。最后，路德（Luther）、梅兰希顿（Melanchthon）和加尔文（Calvin）胜了其它教派，如今他们的教义占据主流。
导致教会分歧和分裂的根本原因有三个：第一，对圣三一的误解；第二，缺乏对主的正确认识；第三，十字架受难是救赎的实际过程的谬念。这三个问题是信的根本，教会基于它们而存在，并被称为教会。对它们的无知必然导致属教会的所有事物背离正轨，最终走向反面，而教会却仍然认为自己拥有对神和关乎神的一切真理的正信；此时，这些人就象蒙上双眼的人，自以为走的是直线，殊不知正在一步步背离它，最终转向相反的方向，那里有大坑等着他们掉进去。不过，能把教会中人从背离真道的路上拉回来，唯一的方法就是学习何为正信，何为不正当之信，何为伪信。故按下列顺序说明：
⑴正信只有一个，就是信主神救主耶稣基督，是那些信祂是神的儿子，天地之神，与父为一之人所持守的。
⑵不正当的信是指背离独一正信的一切信，这就是那些从别处爬进来，仅视主为人，而非神之人所持守的信。
⑶伪信根本就不是信。

539.自我反省之后，人还有两项义务：祈求和忏悔。祈求应是这样：主满有怜悯，会恩赐抵制所悔改罪恶的力量，也会提供行善的倾向和情感，因为离了主，人不能做什么（约翰福音15:5）。忏悔应是这样：人要看到、认识并承认自己的罪恶，发现自己是个可怜的罪人。人既没必要在主面前罗列自己的罪，也没必要祈求它们被宽恕。没必要罗列罪，是因为他已省察并在自己身上看到这些罪，因此它们便呈现在主面前，因为它们呈现在人自己面前。主还引导此人自我反省，使罪恶暴露，激起难过的情绪，连同停止罪恶、开启新生活的努力。
之所以不必向主祈求罪得赦免，原因有二：其一，罪无法被抹除，只能被移走；只要人随后停止罪恶，开启新生活，它们就会被移走。因为每种恶周围都粘附着如同一个“群团”那样的无数欲望；当人允许自己被改造与重生时，它们只能逐渐、而无法瞬间被移走。其二，主因是怜悯本身，故会赦免每个人的罪，甚至连一个罪也不归到人身上。因为主说：“他们不知道自己在做什么。”然而，这并不意味着罪被废除了；因为当彼得问，他该饶恕弟兄的罪过几次？到七次可以吗？主说：
我对你说，不是到七次，乃是到七十个七次。 (马太福音18:21-22)
那么，主还有什么不能做的呢？然而，对于饱受良心折磨的人来说，为了减轻负担、获得赦免而在教会牧师面前列举自己的罪过，这没什么坏处；因为他会由此形成省察自己，并反思每日邪恶的习惯。不过，这种忏悔是属世的，而上面所描述的忏悔是属灵的。