378.基督教会从摇篮就开始被分裂主义和异端邪说攻击和分裂，随着时间推移，逐渐被撕裂和肢解，几乎就象经上说的那个从耶路撒冷下到耶利哥的人，他落到强盗手中，被剥去衣裳，打得半死，丢在半路（路加福音10:30）。这个教会的结局就象但以理书上所描述的：
那行毁坏可憎的，如飞而来，并且有忿怒倾在那行毁坏的身上，直到所定的结局。（但以理书9:27）
照主的话说：
然后末期才来到，你们看见先知但以理所说的“那行毁坏可憎的”站在圣地。（马太福音24:14,15）
它的命运好比一艘载满贵重货物的船只，一离开港口就遭到暴风雨袭击，很快就失事沉入海底，致使满船货物部分被海水毁灭，部分被鱼吞吃。
教会历史清楚告诉我们，基督教会自婴孩时就经历风雨飘摇，遭受重大打击。例如，使徒时代的西门，他是撒玛利亚人，在城里久行邪术（参看使徒行传8:9等）；还有保罗在写给提摩太的信中所提到的许米乃和腓理徒（提摩太后书2:17-18）；还有名为尼哥拉党人的尼哥拉（启示录2:6；使徒行传6:5），以及克林萨斯。使徒时代之后，更多的异端邪说兴起，例如马西昂派（Marcionites）、奴爱达派（Noetians）、瓦伦丁派（Valentinians），禁戒派（Encratites），孟他奴派（Cataphrygians），守逾越节派（Quartodecimas？？暂译）、非道派（Alogians）、迦他利派（又作亚尔比根派，清洁派）（Catharans）、奥利金派（又译俄利根）（Origenists）、撒伯流派（Sabellians）、撒摩撒他派（Samosatenes）、摩尼教（Manichaeans）、麦勒先派（Meletians），直至阿里乌派（Arians）。在他们的时代之后，整个异端领袖团开始攻击教会，如多纳徒派（Donatists）、阜提奴派（Photinians）、半亚流派（Semiarians）、优诺米派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、聂斯托利派（Nestorians）、预定论（Predestinarians）、教皇制信奉者（Papists）、茨温利派（Zwinglians）、再洗礼派（Anabaptists）、施文克斐特派（Schwenckfeldians）、合作派（？？Synergists暂译）、苏西尼派（Socinians）、反三一论派（Antitrinitarians）、贵格会派（Quakers）、赫伦胡特派（Herrenhuters）等等。最后，路德（Luther）、梅兰希顿（Melanchthon）和加尔文（Calvin）胜了其它教派，如今他们的教义占据主流。
导致教会分歧和分裂的根本原因有三个：第一，对圣三一的误解；第二，缺乏对主的正确认识；第三，十字架受难是救赎的实际过程的谬念。这三个问题是信的根本，教会基于它们而存在，并被称为教会。对它们的无知必然导致属教会的所有事物背离正轨，最终走向反面，而教会却仍然认为自己拥有对神和关乎神的一切真理的正信；此时，这些人就象蒙上双眼的人，自以为走的是直线，殊不知正在一步步背离它，最终转向相反的方向，那里有大坑等着他们掉进去。不过，能把教会中人从背离真道的路上拉回来，唯一的方法就是学习何为正信，何为不正当之信，何为伪信。故按下列顺序说明：
⑴正信只有一个，就是信主神救主耶稣基督，是那些信祂是神的儿子，天地之神，与父为一之人所持守的。
⑵不正当的信是指背离独一正信的一切信，这就是那些从别处爬进来，仅视主为人，而非神之人所持守的信。
⑶伪信根本就不是信。

479.人在属灵的事上具有自由意志，这一点必须先通过总体事项被证实，然后再通过诸如人一听闻就承认的具体细节被证实。总体事项如下:
⑴最有智慧的人类，即亚当及其妻子，任由自己被蛇引诱。
⑵他们的长子该隐杀了他兄弟亚伯，耶和华神没有发话阻止他们，却在事后诅咒该隐。
⑶以色列民在旷野敬拜金牛犊，耶和华从西奈山看到这一切，并未阻止。
⑷大卫数点百姓，结果招来瘟疫，数万人死亡，而神不在事前，却在事后差遣先知迦得到大卫那里，宣告对他的惩罚。
⑸所罗门被允许设立偶像崇拜。
⑹继他之后，许多王被允许亵渎神殿和教会圣物，最后那民族还被允许钉死主。
⑺穆罕默德被允许建立一个在很多方面不符合圣经的宗教。
⑻基督教被分裂为众多宗派，每一个都发展为异端。
⑼基督教界有那么多不敬虔的人，甚至以不敬为荣，以阴谋诡计对抗虔诚、公义和诚实。
⑽在司法和商业领域，有时不公战胜公平。
⑾不敬虔的人甚至名声显赫，成为教会和国家的领袖。
⑿战争被允许，许多人被杀戮，许多城市、民族和家庭被洗劫，诸如此类。这种事若不是每个人享有自由意志的结果，该如何解释？
全世界都知道的邪恶被允许并没有其它根源。许可的法则也是圣治的法则，这一点可见于《圣治》一书（234-274节，1764年出版于阿姆斯特丹）；那里也解释了上述例子。