378.基督教会从摇篮就开始被分裂主义和异端邪说攻击和分裂，随着时间推移，逐渐被撕裂和肢解，几乎就象经上说的那个从耶路撒冷下到耶利哥的人，他落到强盗手中，被剥去衣裳，打得半死，丢在半路（路加福音10:30）。这个教会的结局就象但以理书上所描述的：
那行毁坏可憎的，如飞而来，并且有忿怒倾在那行毁坏的身上，直到所定的结局。（但以理书9:27）
照主的话说：
然后末期才来到，你们看见先知但以理所说的“那行毁坏可憎的”站在圣地。（马太福音24:14,15）
它的命运好比一艘载满贵重货物的船只，一离开港口就遭到暴风雨袭击，很快就失事沉入海底，致使满船货物部分被海水毁灭，部分被鱼吞吃。
教会历史清楚告诉我们，基督教会自婴孩时就经历风雨飘摇，遭受重大打击。例如，使徒时代的西门，他是撒玛利亚人，在城里久行邪术（参看使徒行传8:9等）；还有保罗在写给提摩太的信中所提到的许米乃和腓理徒（提摩太后书2:17-18）；还有名为尼哥拉党人的尼哥拉（启示录2:6；使徒行传6:5），以及克林萨斯。使徒时代之后，更多的异端邪说兴起，例如马西昂派（Marcionites）、奴爱达派（Noetians）、瓦伦丁派（Valentinians），禁戒派（Encratites），孟他奴派（Cataphrygians），守逾越节派（Quartodecimas？？暂译）、非道派（Alogians）、迦他利派（又作亚尔比根派，清洁派）（Catharans）、奥利金派（又译俄利根）（Origenists）、撒伯流派（Sabellians）、撒摩撒他派（Samosatenes）、摩尼教（Manichaeans）、麦勒先派（Meletians），直至阿里乌派（Arians）。在他们的时代之后，整个异端领袖团开始攻击教会，如多纳徒派（Donatists）、阜提奴派（Photinians）、半亚流派（Semiarians）、优诺米派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、聂斯托利派（Nestorians）、预定论（Predestinarians）、教皇制信奉者（Papists）、茨温利派（Zwinglians）、再洗礼派（Anabaptists）、施文克斐特派（Schwenckfeldians）、合作派（？？Synergists暂译）、苏西尼派（Socinians）、反三一论派（Antitrinitarians）、贵格会派（Quakers）、赫伦胡特派（Herrenhuters）等等。最后，路德（Luther）、梅兰希顿（Melanchthon）和加尔文（Calvin）胜了其它教派，如今他们的教义占据主流。
导致教会分歧和分裂的根本原因有三个：第一，对圣三一的误解；第二，缺乏对主的正确认识；第三，十字架受难是救赎的实际过程的谬念。这三个问题是信的根本，教会基于它们而存在，并被称为教会。对它们的无知必然导致属教会的所有事物背离正轨，最终走向反面，而教会却仍然认为自己拥有对神和关乎神的一切真理的正信；此时，这些人就象蒙上双眼的人，自以为走的是直线，殊不知正在一步步背离它，最终转向相反的方向，那里有大坑等着他们掉进去。不过，能把教会中人从背离真道的路上拉回来，唯一的方法就是学习何为正信，何为不正当之信，何为伪信。故按下列顺序说明：
⑴正信只有一个，就是信主神救主耶稣基督，是那些信祂是神的儿子，天地之神，与父为一之人所持守的。
⑵不正当的信是指背离独一正信的一切信，这就是那些从别处爬进来，仅视主为人，而非神之人所持守的信。
⑶伪信根本就不是信。

425.(20)被称为理性的理解力官能和被称为自由的行动官能仍旧存留。我们在前面(264-267节)已经讨论了人所拥有的这两种官能。人拥有这两种官能，是为了他能从属世的变成属灵的，也就是重生。因为如前所述，正是人的爱变得属灵并重生；这爱不可能变得属灵，或重生，除非它通过其理解力知道何为邪恶，何为良善，由此知道何为真理，何为虚假。当知道这一切时，它就能选择这一个或那一个；它若选择良善，就能通过其理解力被教导获得良善的方法。能使人获得良善的所有方法都已经提供。知道并理解这些方法是理性的功能，意愿并实行它们是自由的功能。还有一种愿意知道、理解并思想这些方法的自由。

那些根据其教会的教义认为，属灵或神学的事超越理解力，因此只需相信，无需理解的人，对这些被称为理性和自由的官能一无所知。这些人不能不否认被称为理性的官能的存在。此外，那些根据其教会的教义认为，没有人能凭自己行善，因此凡出于任何意愿的良善都不可为了得救而行的人，不能不出于宗教原则而否认人所拥有的这两种官能的存在。所以，那些确认这些观点的人死后也会照着自己的信仰而被剥夺这两种官能；他们不能享有他们本可以享有的天堂自由，而是陷入地狱自由；他们也不能凭理性享有天使的智慧，而是陷入地狱的疯狂。此外，令人惊讶的是，他们竟然声称这两种官能存在于作恶和思想虚假中；殊不知，行使作恶的自由就是奴隶，行使思想虚假的理性则是非理性。

但需要认真注意的是，自由和理性这两种官能不是人自己的，而是属于人里面的主；事实上，它们也无法被归给人当成他自己的，而是始终属于他里面的主；然而，它们永远不会从人那里被拿走；原因在于，没有它们，人就无法得救；因为没有它们，他无法重生，如前所述。正因如此，教会教导人们：人凭自己不能思想真理，凭自己也不能实行良善。然而，由于人只会感觉他凭自己思想真理，凭自己实行良善，故显而易见，他应当相信，他貌似凭自己思想真理，貌似凭自己实行良善。因为他若不这样相信，就要么不思想真理，也不实行良善，因而没有宗教信仰，要么靠他自己思想真理，实行良善，从而将神性之物归于自己。人应当貌似凭自己思想真理，实行良善，这一点可见于《新耶路撒冷教义之生活篇》，从头到尾都能看出来。